В 2000 г. в ИМАШ РАН на базе лаборатории математического моделирования под руководством академика РАН Ю.Е. Нестерихина была создана выпускающая/базовая кафедра Московского физико-технического института «Вычислительные модели технологических процессов» (ВМТП). Специальность: «Прикладные математика и физика», направление:010656– «Математические и информационные технологии»; тип обучения: непрерывное 4х-годичное.
С 2000 г. по декабрь 2010 г. заведующим кафедрой ВМТП оставался академик РАН Ю.Е. Нестерихин. В 2011 году кафедру ВМТП возглавил директор ИМАШ РАН академик РАН Р.Ф.Ганиев.
За период с 2000 г. по 2011 г. кафедра ВМТП осуществила 11 выпусков бакалавров и 10 выпусков магистров. В 2011-2012 учебном году на кафедре обучились 22 студента МФТИ и выполнили исследовательскую работу 8 аспирантов. На кафедре работают как сотрудники лаборатории математического моделирования, так и сотрудники других подразделений ИМАШ РАН. Учебная программа включает 12 спецкурсов и выполнение научно-исследовательской работы (НИР) по тематике ИМАШ РАН.

Учебные курсы:

Бакалавры

1. Практикум освоения программного обеспечения
2. Оптимизационные задачи и вычислительные методы в дискретных структурах
3. Введение в теорию автомобильных потоков
4. Основы моделирования технологических систем
5. Динамика сетевых систем
6. Математические и информационные технологии в задачах проектирования сетей

Магистры

1. Механика нелинейных волновых процессов
2. Волновые технологии в промышленности (материаловедение, машиностроение, нефтедобыча)
3. Физико-математическое и экспериментально-теоретическое моделирование в проблемах прочности и надежности конструкций, в том числе трубопроводов
4. Технологии повышения несущей способности изделий авиационно-космического назначения
5. Биомеханика, медицинская инженерия и экология
6. Программирование в среде пакета MATLAB
7. НИР

Кафедра ВМТП имеет грант Президиума РАН «Поддержка молодых ученых». Аспиранты ИМАШ РАН участвуют в нескольких проектах по грантам РФФИ. При этом один из них получил грант по программе У.М.Н.И.К. «Участник молодежного научно-инновационного конкурса», созданной при поддержке Роснауки и Рособразования.
В последние годы при ежегодной международной конференции МИКМУС ИМАШ РАН и при ежегодной научной конференции МФТИ постоянно работает созданная на основе кафедры ВМТП секция «Вычислительные модели технологических процессов».